История Свободненского гарнизонного военного суда начинается с Указа Президиума Верховного Совета СССР от 31 августа 1981 года и приказа начальника Управления военных трибуналов от 1 сентября того же года № 23, в соответствии с которыми в городе Амурске Хабаровского края был образован военный трибунал Амурского гарнизона.

В 1996 году на основании директивы командующего войсками Дальневосточного военного округа от 21 октября 1996 года военный суд Амурского гарнизона был передислоцирован в город Свободный Амурской области и переименован в военный суд Свободненского гарнизона.

В январе 2000 года суд стал именоваться Свободненским гарнизонным военным судом.